论著
长链非编码RNA PVT1在肿瘤中的表达及生物信息学分析
中华病理学杂志, 2017,46(07) : 485-490. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0529-5807.2017.07.008
摘要
目的

通过生物信息学分析及实验验证,揭示长链非编码RNA PVT1在肿瘤中的表达及作用机制,为肿瘤的发病机制研究提供新的思路。

方法

从starBase v2.0公共数据库分析PVT1在14种常见肿瘤中的表达,利用PVT1 RNA原位杂交实验验证PVT1在肿瘤中的表达方式。运用UCSC Genome Browser、HMDD v2.0、miRTar Base、JASPAR等数据库对长链非编码RNA PVT1的上游转录因子、下游靶microRNA及靶基因进行生物信息学预测及分析,并进一步推导其分子调控通路。

结果

通过starBase数据库分析及RNA原位杂交实验验证,PVT1在肾透明细胞癌和结直肠癌中高表达。PVT1受上游CREB1、Atf1、SP1、KLF5、STAT3等转录因子的调控;PVT1能与miR-16特异性结合并调控其表达,miR-16的靶基因bcl-2、VEGFA、CCNE1、CCND1、SHOC2与PVT1的转录因子存在相互作用,形成一个反馈调控通路。

结论

PVT1在肾透明细胞癌及结直肠癌中高表达,生物信息学预测分析显示转录因子/PVT1/miR-16/靶基因信号轴可能是肾癌及结直肠癌的重要分子机制,为进一步研究长链非编码RNA功能机制提供新思路。

引用本文: 王苗, 高巍, 白云飞, 等.  长链非编码RNA PVT1在肿瘤中的表达及生物信息学分析 [J]. 中华病理学杂志,2017,46( 07 ): 485-490. DOI: 10.3760/cma.j.issn.0529-5807.2017.07.008
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长链非编码RNA(long-chain non-coding RNAs,lncRNA)是一类无或少有蛋白编码能力、长度超过200 nt的非编码RNA,以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平[1]。目前认为,肿瘤是由多基因参与,并形成复杂网络共同作用的结果,其中lncRNA、微小RNA(miRNA)和转录因子对基因表达的调控是其复杂网络中的重要组成部分[2,3,4]。相关生物信息学的发展,为我们从综合调控网络方面去分析lncRNA的作用机制提供了理论基础。

 
 
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